ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΙΑΣ ΨΗΦΙΑΚΗΣ PCR ΣΤΑΓΟΝΙΔΙΩΝ (ddPCR), ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΙΧΝΕΥΣΗ ΜΕΤΑΛΛΑΞΕΩΝ ΚΛΙΝΙΚΗΣ ΣΗΜΑΣΙΑΣ ΣΤΟ ΓΟΝΙΔΙΟ ESR1 ΣΕ ΔΕΙΓΜΑΤΑ ΠΛΑΣΜΑΤΟΣ ΑΠΟ ΑΣΘΕΝΕΙΣ ΜΕ ΟΡΜΟΝΟΕΥΑΙΣΘΗΤΟ HER2-ΑΡΝΗΤΙΚΟ, ΜΕΤΑΣΤΑΤΙΚΟ ΚΑΡΚΙΝΟ ΜΑΣΤΟΥ.

Εισαγωγή: Για τις ασθενείς με ορμονοευαίσθητο, HER2 αρνητικό μεταστατικό καρκίνο του μαστού (MBC), ένας βασικός μηχανισμός επίκτητης αντίστασης στην ενδοκρινική θεραπεία με αναστολείς της αρωματάσης (ΑΙ), είναι η ανάπτυξη ενεργοποιητικών μεταλλάξεων στα εξώνια 5 και 8 του γονιδίου ESR1. Η παρουσία μεταλλάξεων ESR1 στο πλάσμα, όπως ανιχνεύονται με ανάλυση του κυκλοφορούντος ελεύθερου κυττάρων DNA (cfDNA) αποτελεί βασικό στοιχείο για την καλύτερη εξατομίκευση της διαχείρισης των ασθενών και την έγκαιρη αλλαγή της θεραπευτικής προσέγγισης.

Σκοπός: Στόχος της παρούσας μελέτης ήταν η ανάπτυξη μεθοδολογίας ddPCR για την ευαίσθητη ανίχνευση των κλινικά σημαντικών μεταλλάξεων στο ESR1 και συγκεκριμένα στο κωδικόνιο 380 (εξώνιο 5) και στα κωδικόνια 536, 537 και 538 (εξώνιο 8) σε cfDNA από δείγματα πλάσματος ασθενών με MBC. Επιπλέον στόχος μας ήταν η σύγκριση και αξιολόγηση του ποσοστού συμφωνίας των αποτελεσμάτων ανίχνευσης μεταλλάξεων στο ESR1 με τη χρήση της αναπτυχθείσας μεθόδου ddPCR και μέσω της καθιερωμένης εργαστηριακής πρακτικής αλληλούχισης NGS ως μέθοδο αναφοράς.

Μέθοδοι: Αρχικά, σχεδιάστηκαν ιχνηθέτες τύπου TaqMan, και έγινε βελτιστοποίηση των αντιδράσεων ddPCR για την ταυτόχρονη ανίχνευση των μεταλλάξεων στα εξώνια 5 και 8 του ESR1. Αναλύθηκαν δείγματα πλάσματος από 20 ασθενείς τόσο με την ddPCR όσο και με αλληλούχιση NGS.

Αποτελέσματα: Από τα 20 δείγματα cfDNA που αναλύθηκαν, ανιχνεύτηκαν μεταλλάξεις στο ESR1 σε 4 από αυτά (20%). Οι μεταλλάξεις στο ESR1 που ανιχνεύτηκαν εντοπίζονται στο εξώνιο 8 και συγκεκριμένα 3 ασθενείς είχαν την μετάλλαξη Y537S και μια ασθενής την D538G. Στις υπόλοιπες 16 ασθενείς, δεν ανιχνεύτηκαν οι μεταλλάξεις στο γονίδιο ESR1 στο πλάσμα. Τα μέχρι στιγμής αποτελέσματα ανάλυσης των μεταλλάξεων στο ESR1 στα δείγματα πλάσματος μεταξύ ddPCR και NGS, παρουσιάζουν συμφωνία σε ποσοστό που φτάνει στο 100%.

Συμπεράσματα: Η χρήση της αναπτυχθείσας μεθόδου ddPCR παρέχει ένα ιδανικό συνδυασμό ταχύτητας, ευαισθησίας και χαμηλού κόστους για την ανίχνευση και παρακολούθηση των μεταλλάξεων στο γονίδιο ESR1 στην κλινική πρακτική ρουτίνας.