Η ΚΛΙΝΙΚΗ ΧΡΗΣΙΜΟΤΗΤΑ ΤΟΥ NGS ΣΤΗΝ ΑΝΑΛΥΣΗ ΤΟΥ ΜΟΡΙΑΚΟΥ ΠΡΟΦΙΛ ΜΕ ΣΚΟΠΟ ΤΗΝ ΑΝΙΧΝΕΥΣΗ ΒΙΟΔΕΙΚΤΩΝ ΣΕ 621 ΠΕΡΙΣΤΑΤΙΚΑ ΚΑΡΚΙΝΟΥ ΤΟΥ ΠΑΧΕΟΣ ΕΝΤΕΡΟΥ

Εισαγωγή Ο καρκίνος του παχέος εντέρου (CRC) βρίσκεται ανάμεσα στα τρία συχνότερα νεοπλάσματα και είναι μια από τις πιο συχνές αιτίες θανάτου από καρκίνο. Η πρόοδος που έχει σημειωθεί στην μέθοδο της αλληλούχισης επόμενης γενιάς (NGS), επέτρεψαν την διεξοδική γονιδιωματική ανάλυση, συμβάλλοντας σημαντικά στη διάγνωση και κατά επέκταση τη θεραπεία του CRC. Σκοπός Η ανάλυση του μοριακού προφίλ ασθενών με CRC ώστε να αναδειχθεί το θεραπευτικό τους όφελος. Στην ανάλυση συμπεριλήφθηκαν 4 βασικοί βιοδείκτες: η μικροδορυφορική αστάθεια (MSI), KRAS, NRAS, BRAF και PIK3CA.Μέθοδος Πραγματοποιήθηκε απομόνωση DNA/RNA σε 621 FFPE δείγματα ασθενών με CRC. Στη συνέχεια έγινε έλεγχος για παραλλαγές σε 27 hotspot περιοχές γονιδίων και αναδιατάξεις σε 6 γονίδια (ALK,ROS,RET,NTRK1/2/3) με τη χρήση του Ion AmpliSeq Panels (Thermo Fisher Scientific). Η αλληλούχιση πραγματοποιήθηκε μέσω της πλατφόρμας Next Generation Sequencing Ion GeneStudio S5 Prime System (Thermo Fisher Scientific).Αποτελέσματα Το 62% των ασθενών που μελετήθηκαν, πληρούσαν τις προυποθέσεις για την λήψη εγκεκριμένης θεραπείας. Στο 36% των δειγμάτων εντοπίστηκαν KRAS/NRAS παραλλαγές εκ των οποίων το 3% έφερε την G12C παραλλαγή. Στο 11% των περιπτώσεων εντοπίστηκε η BRAF V600E παραλλαγή, ενώ παραλλαγές στο PIK3CA γονίδιο παρουσιάστηκαν στο 15%. Επίσης, 8% των όγκων χαρακτηρίστηκαν από υψηλή μικροδορυφορική αστάθεια αστάθεια (MSI-H). Αξίζει να σημειωθεί ότι το 4% των μεταστατικών περιστατικών CRC είχαν ταυτόχρονη εμφάνιση MSI-H και της BRAF V600E παραλλαγής, ενώ για τα υπόλοιπα περιστατικά MSI-H/BRAF wt έγινε σύσταση για παραπομπή για έλεγχο του συνδρόμου Lynch.Συμπεράσματα Τα αποτελέσματα της εργασίας αυτής αναδεικνύουν το διττό ρόλο της μεθοδολογίας του NGS, τόσο στην παροχή εξατομικευμένης θεραπευτικής προσέγγισης των ασθενών με CRC, καθώς και στην αναγνώριση των ασθενών με πιθανό σύνδρομο Lynch.