ΑΛΛΗΛΟΥΧΗΣΗ ΕΠΟΜΕΝΗΣ ΓΕΝΕΑΣ (NGS) ΓΙΑ ΤΗ ΔΙΕΡΕΥΝΗΣΗ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΠΡΟΔΙΑΘΕΣΗΣ ΣΕ ΚΑΡΚΙΝΟ ΣΕ ΠΑΙΔΙΑΤΡΙΚΟΥΣ ΑΣΘΕΝΕΙΣ

Εισαγωγή: Οι γενετικές παραλλαγές μεσαίου/υψηλού ρίσκου είναι σημαντικές για τη διάγνωση, θεραπεία και παρακολούθηση των ασθενών με κακοήθεια, αλλά και την γενετική συμβουλευτική και πρόληψη στα μέλη της οικογένειας.

Σκοπός και μέθοδοι: Σκοπός είναι η διερεύνηση της γενετικής αιτιολογίας σε παιδιά και έφηβους με κακοήθεια. Συμπεριλήφθηκαν 81 ασθενείς (31 με αιματολογική κακοήθεια και 50 με συμπαγείς όγκους). Κριτήρια ένταξης ήταν: θετικό οικογενειακό ιστορικό, μη ανταπόκριση στη θεραπεία, σπανιότητα του νοσήματος. Απομονώθηκε germline DNA από περιφερικό αίμα απουσίας νόσου. Δημιουργήθηκαν δύο NGS panels με 155 και 160 γονίδια, συνδεόμενα με την εκδήλωση συμπαγών όγκων και αιματολογικών κακοηθειών, αντίστοιχα. Οι γενετικοί τόποι ενδιαφέροντος εμπλουτίστηκαν με υβριδισμό ανιχνευτών και σχεδιάστηκαν με ειδικό λογισμικό (Agilent SureDesing, custom-made panel) στοχεύοντας σε όλα τα εξόνια των γονιδίων. Αλληλούχηση πραγματοποιήθηκε με την τεχνολογία της αλληλούχησης επόμενης γενεάς (NGS) σε γενετικό αναλυτή Miseq (Illumina). Η επεξεργασία και ανάλυση των ακατέργαστων αποτελεσμάτων έγινε με βιοπληροφορικά εργαλεία αναφοράς (BWA-MEM, GATK, VCFtools, VEP). Mε αλληλούχηση Sanger και γονοτύπηση σε μέλη της οικογένειας επιβεβαιώθηκαν παθογόνες/πιθανά παθογόνες γενετικές παραλλαγές.

Αποτελέσματα: Ανευρέθηκαν 859 (εύρος: 750-950) γενετικές παραλλαγές ανά ασθενή. Σε 6/81 (7,4%) ασθενείς ανιχνεύθηκαν παθογόνες/πιθανά παθογόνες γενετικές παραλλαγές σχετιζόμενες άμεσα με τον φαινότυπο. Σε 4/81 (4,9%) ασθενείς ανευρέθηκαν παθογόνες/πιθανά παθογόνες γενετικές παραλλαγές σε ετεροζυγωτία σε γονίδια που σχετίζονται με προδιάθεση σε κακοήθεια, αλλά δεν υπάρχει άμεση σύνδεση με τον φαινότυπο. Αναγνωρίσθηκαν πέντε παθογόνες/πιθανά παθογόνες γενετικές παραλλαγές που δεν έχουν καμία συσχέτιση με τον φαινότυπο. Επιπλέον, διαπιστώθηκαν επτά γενετικές παραλλαγές αγνώστου κλινικής σημασίας (VUS), στις οποίες απαιτείται περαιτέρω διερεύνηση.

Συμπεράσματα: H τεχνική NGS συμβάλει στη διερεύνηση της παθογένειας των κακοηθειών της παιδικής ηλικίας. Όπως διαπιστώθηκε σημαντικός αριθμός ασθενών φέρουν γενετικές παραλλαγές σε γονίδια που συνδέονται με κακοήθεια. Η ανεύρεση VUS έχει ιδιαίτερο ενδιαφέρον και χρήζει περαιτέρω αξιολόγηση, ώστε να διαπιστωθεί εάν πρόκειται για σπάνιους πολυμορφισμούς άνευ κλινικής σημασίας ή συμβάλλουν στην εμφάνιση της νόσου.