Εργαστήριο Μεταφραστικής Ογκολογίας, Ιατρική Σχολή, Πανεπιστήμιο Κρήτης
Εισαγωγή: Η ανάπτυξη αναστολέων για τη στόχευση της KRAS G12C, ενίσχυσε το ενδιαφέρον για τη μελέτη της κλινικής της σημασίας στους ασθενείς με μη μικροκυτταρικό καρκίνωμα πνεύμονα (ΜΜΠΚ). Καθώς ο καρκινικός ιστός δεν είναι πάντα προσβάσιμος, το ελεύθερο κυκλοφορούν DNA (cfDNA) αποτελεί μια μη επεμβατική πηγή για την ανάλυση του γενετικού προφίλ του όγκου. Η ψηφιακή PCR σταγονιδίων (ddPCR), είναι ένα ισχυρό εργαλείο που μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την ανίχνευση μεταλλάξεων κλινικής σημασίας στο cfDNA των ασθενών με ΜΜΚΠ. Σκοπός: Η ανάπτυξη μεθοδολογίας ddPCR για την ποσοτικοποίηση της KRAS G12C (Κλάσμα μεταλλαγμένων αλληλομόρφων; MAF) στο cfDNA, ασθενών με μεταστατικό ΜΜΚΠ. Επιπλέον στόχος ήταν η σύγκριση των αποτελεσμάτων της ανίχνευσης της KRAS G12C χρησιμοποιώντας ddPCR στο cfDNA και αλληλούχισης Sanger σε δείγματα ιστού. Μέθοδοι: Σχεδιάστηκαν ειδικοί εκκινητές και ιχνηθέτες TaqMan και έγινε βελτιστοποίηση των αντιδράσεων ddPCR για ταυτόχρονη ανίχνευση της G12C και της wild-type αλληλουχίας του εξωνίου 2 του KRAS. Προσδιορίστηκε το όριο ανίχνευσης της μεθόδου με πειράματα ελέγχου. Δείγματα πλάσματος συλλέχθηκαν από 20 ασθενείς με ΜΜΚΠ και με ανιχνεύσιμη μετάλλαξη KRAS G12C στον ιστό. Η ανίχνευση της KRAS G12C στα δείγματα cfDNA έγινε με την μέθοδο ddPCR και στον ιστό τόσο με ddPCR όσο και με αλληλούχιση κατά Sanger. Αποτελέσματα: Το όριο ανίχνευσης της ddPCR μεθόδου που αναπτύχθηκε προσδιορίστηκε στο 0,2% (MAF). Από τα 20 δείγματα cfDNA που αναλύθηκαν, η μετάλλαξη KRAS G12C ανιχνεύτηκε σε 7 (35%) από αυτά, με MAF από 1,03% μέχρι 27,20%. Συμπεράσματα: Η χρήση της αναπτυχθείσας μεθόδου ddPCR παρέχει ένα ιδανικό συνδυασμό ταχύτητας, ειδικότητας και ευαισθησίας για την ποσοτικοποίηση και παρακολούθηση του φορτίου της μετάλλαξης KRAS G12C στο cfDNA ασθενών με ΜΜΚΠ.
ΑΑ5
- 36 προβολές
